根據臺北捷運公司委託專業市場調查公司辦理之99年度旅客滿意度調查，受訪旅客對臺北捷運整體滿意度為94.7%，較之98年89.7％上升5個百分點，這項調查顯示捷運路網各路線的服務品質受到民眾的高度肯定，該公司除了感謝旅客的支持，亦將持續根據旅客需求與建議，作為修正經營管理之參考，維持高品質之運輸服務。

該公司表示，臺北捷運自95年起旅客滿意度均達90%以上，95年91.6%、96年94.1％、97年95.1％，惟98年因文湖線營運初期系統不穩定，致整體滿意度下滑。經該公司配合臺北市捷運工程局進行各項改善，系統日益穩定，去（99）年旅客滿意度已回升至以往水準。

臺北捷運公司指出，這項調查係實地查訪旅客對於捷運「系統服務」、「車站空間與設施」、「列車搭乘感受」的滿意度及建議，99年度調查結果以「列車搭乘感受」項下之「車廂整體清潔」(95.3%)、「車站空間與設施」項下之「車站整體清潔」(95.1%)分列滿意度前2名；不滿意度較高者則為「系統服務」項下之「系統營運時間長短」（12.7%）、「實施捷運內禁止飲食政策」（7.9%）。

有關旅客希望捷運系統延長營運時間，臺北捷運公司強調，目前首、末班發車時間為上午6:00及晚上24:00；每日捷運末班車收車後，所有車輛皆需回送機廠安排列車清潔及維修保養，至收車完成已超過凌晨1:30。此外，各路線於首班車營運前（約清晨5:00開始至5:30分左右）進行軌道巡視作業，故僅能利用剩餘之3個半小時內，進行電聯車清潔與保養、軌道設施維護等工作，時間上再壓縮有影響系統正常運作之虞。考量列車在深夜運行之聲響亦可能影響沿線居民作息，且為維持夜間維修保養正常作業，以利系統保持最佳狀況，提供給旅客安全、快速、舒適的輸運服務，仍以維持目前之營運時間為宜。

至於對捷運內禁止飲食行為不滿意之受訪旅客，意見紛歧；有旅客建議嚴格取締違規飲食旅客，也有旅客建議開放飲食。臺北捷運公司表示，大眾捷運法規定，旅客於捷運禁止飲食區內飲食、嚼食口香糖或檳榔經勸阻不聽，可處新臺幣1,500元以上7,500元以下罰鍰。為維持捷運優良文化並保持車站及電聯車車廂清潔，該公司將持續加強宣導及取締作業。惟旅客因疾病或身體不適，須吃藥或飲水時，請洽站務人員協助處理。

這項調查也顯示，有57.8%的受訪者搭乘捷運頻率每週達5至7天，顯現臺北都會區民眾支持大眾捷運系統。搭乘捷運目的以上下班比例最高（31.8%）、其次是上下學（21.7%）。

臺北捷運99年度旅客滿意度調查，於99年12月10日至12月14日在各營運路線(文湖線、淡水線、中和線、新店線、板南線、土城線、蘆洲線、小南門線、新北投支線及小碧潭支線)進行旅客實地面訪，隨機抽樣調查對象為16歲以上搭乘捷運的旅客，有效樣本數量為1,074份。